Die Dominikaner, seit 1267 in Brandenburg nachweisbar, wurden wohl vom Markgrafen in die Neustadt berufen. Als ihnen 1286 der markgräfliche Hof am Rande der Neustadt geschenkt wurde, war vermutlich der langgestreckte Saalchor der Kirche bereits fertiggestellt und als freistehende Kapelle nutzbar. Grabungen haben gezeigt, dass ursprünglich eine Vollendung als Saalkirche geplant war. Bis zur Überlassung weiteren Grundes 1311 durch die Stadt war das östlichste Joch einer dreischiffigen Halle ausgeführt.
Westlich dieser Baunaht war die Halle bis etwa 1330/40 vollendet und gewölbt. Aus dieser Zeit hat sich das figürliche Chorscheitelfenster erhalten. Der Chorseitenturm wurde 1469 angefügt.
Nach der Reformation diente St. Pauli seit 1560 als evangelische Pfarrkirche. 1733 erfolgte ein Innenausbau mit Emporen. Die 1868-70 unter Leitung Ferdinand von Quasts purifizierend restaurierte Kirche war seit 1945 Ruine. Nach ihrem 2007 abgeschlossenen Wiederausbau dient St. Pauli als städtischer Veranstaltungsort.